醫療衞生研究基金(HMRF)皆在支持於特定範疇的先進醫療研究:
- 公共衞生、人類健康及醫護服務及中醫藥
- 傳染病的預防、治療及控制、尤其是初出現和再次出現的傳染病
- 兒童專科、腦神經學、醫學遺傳科和臨床試驗等方面的先進醫療研究
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基金管理單位包括食物及衞生局轄下的研究局(為撥款作出決定)、專家顧問小組(就研究主題的優次、研究重點和獲撥款資助的機會向研究局提出建議)、評審撥款委員會(評審申請，並推薦值得資助的項目)，以及評審小組(評審建議書的科研價值)。
基金撥款的上限為每個項目一百萬元，小型/起步階段的項目均以相同基準審核。研究局在項目進行期間發放資助的上限為獲批總額的八成，資助每兩個月發放，最後報告獲接納後才發放其餘兩成資助。項目須於獲批後六個月內開始，研究時限為兩年。
衞生或衞生相關的學科或行業人士均可申請，其他學科(如社會福利界和教育界)人士，亦可為與衞生有關的研究提出申請。高等教育院校、醫院、醫學院或其他合適的中心、單位或服務機構均可獲批撥款。 基金亦鼓勵本地與非本地研究機構合作的研究。
基金資助由個別研究員因應公開邀請而提交的研究建議。同時，亦會資助根據由專家顧問小組的意見而確定須委託進行的特定研究計劃，及向合資格申請人頒授不同程度的研究獎學金(例如哲學博士生、博士後研究員、臨床研究員等)。
在一般情況下，基金於每年七月開始接受申請，截止日期為十一月中旬，而申請人會在截止日期後六個月內知悉結果。
獲准項目須呈交中期、結題和研究結果報告。